Luego de los reclamos de muchos usuarios con respecto a varias carencias con las que contaba este compilado, específicamente que no se pudiera usar el control de Nintendo GameCube en Super Mario Sunshine, Nintendo decidió lanzar la versión 1.1.0 para Super Mario 3D All-Stars que permite invertir los controles para la cámara de los tres juegos, y el poder jugar con el control de cubo.
Dentro de otros detalles de esta actualización se aclara que el soporte de GameCube sólo es compatible en el modo TV de la consola, y que se puede acceder al mismo con el adaptador que se compra por separado. Así como varias mejoras para los tres juegos, y que obviamente la versión Lite de la consola no contará con el soporte para este control.
